Novovjekovnu zbirku čini arheološki materijal sakupljen kopnenim i podvodnim arheološkim istraživanjima koje Muzej provodi od sredine prošlog stoljeća do danas te se neprestano nadopunjuje novim nalazima. Građa je prikupljena na lokalitetima Primorsko-goranske županije: Stari grad u Rijeci, Bakar – Kaštel, Klana – Gradina, Krk – Omišalj, Cres – Osor, Mali lošinj – Čikat, Glavotok – Mala Jana i drugi. Riječ je o predmetima iz svakodnevna života izrađenim od keramike, stakla, metala i kosti, a najvećim je dijelom to stolno glazirano posuđe. Građa pripada razdoblju od početka 15. do kraja 18. stoljeća i upotpunjuje sliku života ljudi u ranome novom vijeku na našem prostoru, daje uvid u gospodarski i politički život te kontakte i veze s okolnim prostorom.