Zbirka brodskih dnevnika, nacrta i isprava je dio Odjela za povijest pomorstva Muzeja i najvećim je dijelom papirnata. Čine je brodski dnevnici, pomorske knjižice, dozvole za putovanja, popisi posada, svjedodžbe pomoraca te nacrti parobroda i motornih brodova. Veći dio isprava poput pomorskih knjižica iz 19. stoljeća i dozvola za plovidbu pojedinih jedrenjaka s riječkog je i kvarnerskog područja. U Zbirci se čuvaju predmeti velike povijesne i dokumentarne vrijednosti za područje Kvarnera poput brodskog dnevnika riječkog jedrenjaka Stefano s rječnikom australskih Aboridžina, brodskog dnevnika školskog broda Vila Velebita, dokumenata Josipa Sinčića, prvog strojara broda Vila Velebita. Tu je i ferman turskog sultana pomorcu Jurju Medaniću iz Kostrene pisan na arapskom jeziku te povelja lošinjskom pomorcu Antonu Celestinu Ivančiću, kao i mnoge druge isprave važne za pomorsku prošlost sjevernog Jadrana. One, između ostalog, potvrđuju veze pomoraca Hrvatskog primorja s Dalmacijom, Istrom te inozemstvom. Građa iz Zbirke u manjem je opsegu izložena u stalnom postavu Jedra Kvarnera.