Zbirka Croatia Line je dio Odjela za povijest pomorstva Muzeja. Formirana je 2012. godine kao posljednja, ali je količinom građe najopsežnija. Najveći dio građe sustavno je nabavljen i predan Muzeju koncem devedesetih godina prošlog stoljeća i početkom 2000. godine iz ostavštine nekadašnjega riječkog brodara duge plovidbe Jugolinija/Croatia Line. Zbirku čini većinom fotografska građa (crno-bijele i fotografije u boji) te negativi i dijapozitivi.
Manjim brojem u Zbirci je zastupljeno brodsko posuđe, makete, predmeti osobne uporabe i slično. Zbirka dokumentira povijest brodara Jugolinija Rijeka od osnutka kompanije 1947., njezinih prvih novogradnja nakon Drugoga svjetskog rata do vrhunca razvitka kompanije Jugolinija sedamdesetih i osamdesetih godina 20. stoljeća te njezina preimenovanja u Croatia Line 1992. godine.