Zbirka rukopisa je dio Kulturno-povijesnog odjela Muzeja. Sadržava rukom pisane dokumente na papiru, pergameni, klesane na kamenu ili rukom gravirane na metalu. U Zbirci se čuvaju i strojopisi, rukom pisane diplome i isprave te bilježnice, pisma, notesi i spomenari. Tu su i službeni dokumenti u izvornom obliku ili prijepisi kao što su službene isprave, ukazi, darovnice od najstarijih nastalih u službenim pisarnicama u 17. stoljeću (darovnice i privilegije isusovačkom redu u Rijeci i okolici, spisi franjevaca) do recentnih osobnih zapisa koji tek s odmakom vremena postaju svjedočanstva malih ljudi o velikim povijesnim promjenama (dnevnik Zore Blažić i spomenar Irene Skočilić iz fašističkog logora u Bakru). Zbirka je nastala iz nekadašnje Povijesne zbirke Kulturno-povijesnog odjela muzeja.